自然周期方案取卵的缺点并不是完全在于卵子的质量差。然而，自然周期方案中获取的卵子数量通常较少，可能会影响试管婴儿的成功率和妊娠率。

首先，自然周期方案是一种在无干预情况下观察和利用女性自然排卵周期的取卵方式。与人工控制受精过程相比，自然周期方案的卵子质量和数量可能较低。然而，自然周期方案避免了过度治疗和减少风险，对于某些患者来说可能更适合。

自然周期方案中获取的卵子数量较少，可能会影响试管婴儿的成功率和妊娠率。卵子的数量和质量是影响试管婴儿成功的重要因素之一。如果卵子数量不足，可能会导致胚胎数量少，从而影响妊娠率。此外，即使卵子数量足够，如果卵子质量差，也可能会导致胚胎发育不良和妊娠失败。

然而，需要指出的是，自然周期方案中获取的卵子质量并不一定比人工控制受精方案中的差。卵子的质量评估是一个复杂的过程，需要考虑多个因素，如卵母细胞的形态、染色体数目和发育潜能等。此外，即使卵子质量较差，通过其他技术的支持，如胚胎培养和移植前遗传病筛查等，也可能会提高试管婴儿的成功率和妊娠率。

除了卵子数量和质量之外，自然周期方案还有其他的影响因素。例如，自然周期方案中的患者年龄和卵巢功能也是影响卵子质量和数量的重要因素。随着年龄的增加，卵巢功能逐渐下降，卵子的数量和质量也会逐渐下降，这可能会导致自然周期方案中获取的卵子数量更少，质量更差。

综上所述，自然周期方案取卵的缺点并不仅仅在于卵子质量差，还包括获取的卵子数量较少。然而，自然周期方案也有其优点，如避免过度治疗和减少风险等。对于某些患者来说，自然周期方案可能更适合。在选择试管婴儿方案时，患者应该与医生进行充分沟通和评估，根据自身情况和医生的建议选择最合适的方案。